Home
Giới thiệu
Tài khoản
Đăng nhập
Quên mật khẩu
Đổi mật khẩu
Đăng ký tạo tài khoản
Liệt kê
Công trình khoa học
Bài báo trong nước
Bài báo quốc tế
Sách và giáo trình
Thống kê
Công trình khoa học
Bài báo khoa học
Sách và giáo trình
Giáo sư
Phó giáo sư
Tiến sĩ
Thạc sĩ
Lĩnh vực nghiên cứu
Tìm kiếm
Cá nhân
Nội dung
Góp ý
Hiệu chỉnh lý lịch
Thông tin chung
English
Đề tài NC khoa học
Bài báo, báo cáo khoa học
Hướng dẫn Sau đại học
Sách và giáo trình
Các học phần và môn giảng dạy
Giải thưởng khoa học, Phát minh, sáng chế
Khen thưởng
Thông tin khác
Tài liệu tham khảo
Hiệu chỉnh
Số người truy cập: 107,047,501
TNFPred: identifying tumor necrosis factors using hybrid features based on word embeddings
Tác giả hoặc Nhóm tác giả:
Trinh-Trung-Duong Nguyen, Nguyen-Quoc-Khanh Le, Quang-Thai Ho, Dinh-Van Phan, Yu-Yen Ou
Nơi đăng:
BMC Medical Genomics;
S
ố:
13;
Từ->đến trang
: 155;
Năm:
2020
Lĩnh vực:
Chưa xác định;
Loại:
Bài báo khoa học;
Thể loại:
Quốc tế
TÓM TẮT
ABSTRACT
Background Cytokines are a class of small proteins that act as chemical messengers and play a significant role in essential cellular processes including immunity regulation, hematopoiesis, and inflammation. As one important family of cytokines, tumor necrosis factors have association with the regulation of a various biological processes such as proliferation and differentiation of cells, apoptosis, lipid metabolism, and coagulation. The implication of these cytokines can also be seen in various diseases such as insulin resistance, autoimmune diseases, and cancer. Considering the interdependence between this kind of cytokine and others, classifying tumor necrosis factors from other cytokines is a challenge for biological scientists. Methods In this research, we employed a word embedding technique to create hybrid features which was proved to efficiently identify tumor necrosis factors given cytokine sequences. We segmented each protein sequence into protein words and created corresponding word embedding for each word. Then, word embedding-based vector for each sequence was created and input into machine learning classification models. When extracting feature sets, we not only diversified segmentation sizes of protein sequence but also conducted different combinations among split grams to find the best features which generated the optimal prediction. Furthermore, our methodology follows a well-defined procedure to build a reliable classification tool. Results With our proposed hybrid features, prediction models obtain more promising performance compared to seven prominent sequenced-based feature kinds. Results from 10 independent runs on the surveyed dataset show that on an average, our optimal models obtain an area under the curve of 0.984 and 0.998 on 5-fold cross-validation and independent test, respectively. Conclusions These results show that biologists can use our model to identify tumor necrosis factors from other cytokines efficiently. Moreover, this study proves that natural language processing techniques can be applied reasonably to help biologists solve bioinformatics problems efficiently.
© Đại học Đà Nẵng
Địa chỉ: 41 Lê Duẩn Thành phố Đà Nẵng
Điện thoại: (84) 0236 3822 041 ; Email: dhdn@ac.udn.vn